وكان الشروع فى إنشاء الجامع سنة 1246هـ / 1830م واستمر العمل سائرا بلا انقطاع حتى توفي محمد على باشا إلى رحمة الله تعالي سنة 1265 هـ / 1848م ودفن فى المقبرة التى أعدها لنفسه بداخل الجامع وقد بنى هذا الجامع على أنقاض قصر الأبلق والإيوان الذى بناه الناصر محمد بن قلاوون والقاعة الأشرفية التى تنسب إلى الأشرف خليل بن قلاوون .
كان بناء الجامع كاملا من أسوار وقباب ومآذن وكتابات تعلو الشبابيك الخارجية بما فيها كسوتها الرخامية أما أعمال كسوة الرخام بالواجهات فلم يكن قد تم منها إلا القسم السفلي حتى الباب القبلي للصحن ولما تولى عباس باشا الأول الحكم سنة 1265 هـ / 1848م أمر بإتمام أعمال النقش
والتذهيب وبعض أعمال الرخام بالجامع كما أمر بعمل تركيبة رخامية ومقصورة نحاسية كما أمر بتعيين القراء ورصد الخيرات على الجامع ، وعندما تولى محمد سعيد باشا الحكم سنة 1270 هـ / 1853م رصد له خيرات كثيرة وقرر عمل احتفالات رسمية لمدة خمس ليال كل عام هى ليلة الإسراء والمعراج وليلة النصف من شعبان ثم ثلاث ليال من شهر رمضان المعظم هى ليلة 13 وهى ذكرى وفاة محمد على باشا وليلة 14 وفيها تم دفنه بمدفنه بالجامع ثم ليلة القدر ، وفى عهد الخديوى إسماعيل باشا سنة 1280هـ / 1863م تم عمل أبواب جديدة بسماعات نحاسية وأحاطه بأسوار وأنشأ له دورة مياه ، وفى عصر الخديوى توفيق باشا سنة 1296 هـ / 1879م أمر بإصلاح رخام الصحن وإعادة ألواح الرصاص التى كانت تغطي القباب .
