و يمتاز هذا الجامع بمئذنتيه الفريدتين بالنسبة لباقي مآذن القاهرة والتى تقع أولاهما إلى اليسار من المدخل الرئيسي وهى مئذنة ذات بدن أسطواني الشكل غشيت قمتها ببلاطات من القاشاني عيها عبارة " لا إله إلا الله هو الحي القيوم " بكتابة بيضاء على أرضية زرقاء ، بينما تقع الثانية فى الزاوية الجنوبية الشرقية ،
ويعتبر البعض هاتان المئذنتان الغريبتان والفريدتان فى مظهرهما والمختلفتان فيما بينهما شكلا وزخرفا من آثار التأثير الإلخاني أو المغولي الإيراني نتيجة للمعمار التبريزي الذى تخبرنا المصادر أنه حضر إلى القاهرة مع سفارة مملوكية عادت من عند الإلخان أبى سعيد سنة 735 هـ / 1335م وهو تاريخ التجديد الثاني للجامع .
ويعتبر البعض هاتان المئذنتان الغريبتان والفريدتان فى مظهرهما والمختلفتان فيما بينهما شكلا وزخرفا من آثار التأثير الإلخاني أو المغولي الإيراني نتيجة للمعمار التبريزي الذى تخبرنا المصادر أنه حضر إلى القاهرة مع سفارة مملوكية عادت من عند الإلخان أبى سعيد سنة 735 هـ / 1335م وهو تاريخ التجديد الثاني للجامع .